微生物菌制劑處理禽畜糞便，使禽畜糞便無臭味，進一步把大分子有機物發酵降解為小分子有機物，使植物更容易吸收利用。在高溫發酵階段溫度可達60～70℃，經過發酵處理的雞糞變為無病毒、無蟲卵、無害蟲的衛生肥料。變臭糞為綠色食品生產的上等肥料，既改善環境又增加了有機肥資源。特別適合養雞戶多的縣，或者大的養雞廠，具有很高的經濟效益、環境效益。
微生物菌制劑凈化養殖水，也可以凈化景觀用水，比如旅游地的湖泊、水庫、河流受到污染，或者城市公園的水富營養化等都可以用本菌制劑治理，達到污水變清、保護水資源的目的。